Instalace programů v 
Ubuntu (a Linuxu obecně) se zásadně liší od způsobu instalace programů ve Windows. V Ubuntu nemusíte procházet webové stránky jednotlivých programů a hledat instalační soubory. Zde existují jakési centrální programové knihovny a programy, které umí s těmito knihovnami pracovat.
Instalační balík (v Ubuntu přípona .deb) je obdoba instalačního exe souboru ve Windows, obsahuje soubory daného programu.
Zdroj je úložiště, většinou na internetu, které obsahuje stovky i tisíce balíků. Oficiální Ubuntu zdroje obsahují několik desítek tisíc balíků. Tyto zdroje jsou určeny vždy pro konkrétní vydání a dovolují systému snadnou instalaci a aktualizaci všech nainstalovaných programů (oficiální zdroje jsou při vydání nové verze "zmraženy", a veškeré další aktualizace se zaměřují jen na opravy chyb. Kompletní aktualizace zdrojů přicházejí až s novou verzí systému).
Pokud tedy chcete v Ubuntu nainstalovat nějaký program, použijte správce balíků (viz níže) a vyhledejte v seznamu požadovaný program. Pokud se stane, že daný program ve zdrojích nenajdete, podívejte na stránku výrobce, jestli program pro Linux nabízí. Pokud ano, můžete ho stáhnout odtud. Pokud ne, zkuste program jiný.
Instalátory v podobě .exe souborů jsou určené pouze pro operační systémy Microsoft Windows a v Ubuntu (vyjma prostředí programu Wine), ani nikde jinde nefungují.
Balíky
Balík Ubuntu je soubor s příponou .deb. Tento balík obsahuje důležité soubory programu. Jeden balík může záviset na dalších balících, tzv. závislostech (znamená, pokud chcete nainstalovat "inkoust", musíte mít neinstalované "pero"). Závislé balíky za vás vyřeší instalační programy. Balíku obsahující pouze závislosti se říká metabalík.
Samostatný balík (např. stažený z webu www.getdeb.net) nainstalujete klasicky, otevřením staženého souboru. Spustí se jednoduchý manažer, kterým vám jej nainstaluje.
Zdroje
Zdroj (jinak repozitář) je jakési velké shromaždiště instalačních balíků (připravených programů), ve kterém si můžete požadovaný program vyhledat a stáhnout. Ubuntu má oficiální zdroje přednastaveny jako aktivní, jediné co je třeba, je funkční připojení k internetu.
Instalace ze zdrojů
Pro instalaci ze zdrojů existuje mnoho nástrojů. Nejjednodušším je nástroj Přidat/Odstranit. Pokročilejším a s více funkcemi je nástroj Synaptic. V sekci pokročilé správy softwaru jsou popsány textové nástroje umožňující práci z příkazové řádky.
Přidat/Odstranit
Přidat/Odstranit je nejjednodušší grafický správce balíků.
Spustíte jej z nabídky Aplikace → Přidat/Odstranit.
Programy jsou logicky rozčleněny do kategorií (levý sloupec). V pravém horním rámečku naleznete seznam dostupného softwaru, v pravém dolním rámečku se pak zobrazuje popis označeného programu. Jakmile si vyberete program, který chcete nainstalovat, stačí jej vybrat (zatrhnout rámeček) a stisknout "Uplatnit změny". Program se stáhne a nainstaluje a po dokončení vám oznámí, kde ho v nabídce Aplikace najdete (pokud jste si třeba instalovali grafický program, tak bude pravděpodobně v nabídce Aplikace → Grafika).
Tento nástroj obsahuje jen vybrané aplikace. Mnoho dalších můžete zobrazit vybráním možnosti Všechny dostupné aplikace, přesto tu nenajdete třeba programy z jiných než oficiálních zdrojů nebo pro běžné uživatele nezajímavé instalační balíky. Všimněte si, že v tomto nástroji se dá pěkně vyhledávat pomocí políčka v pravém horním rohu, buď jen v dané kategorii nebo ve všech kategoriích softwaru.
Pro podrobnější informace o této aplikaci navštivte stránku Přidat/Odstranit.
Na složitější operace s balíky (například odebrání balíků, které mají další balíky jako závislosti) nebo zobrazení seznamu opravdu všeho dostupného softwaru, je určen pokročilejší nástroj Synaptic.
Synaptic
Synaptic je prokročilý grafický správce balíků.
Spustíte ho z nabídky Systém → Správa → Synaptic, případně příkazem gksudo synaptic.
Před instalací nového softwaru se doporučuje obnovit si seznam dostupných programů pomocí tlačítka "Obnovit". Příslušný program najdete pomocí "Hledat", kde zadáte jméno hledaného balíku, následně ho přes pravé tlačítko myši označíte pro instalaci a pak jen stisknete "Použít".
Pro podrobnější informace o této aplikaci navštivte stránku Synaptic.
Úprava seznamu zdrojů
Do seznamu zdrojů si můžeme přidat i další (neoficiální) zdroje a tím rozšířit repertoár dostupného softwaru. Za kvalitu a bezpečnost programů z těchto zdrojů však Ubuntu tým neručí.
Pokud nepotřebujete software z jiných než základních Ubuntu zdrojů, nemusíte seznam zdrojů nijak upravovat.
Pokud chcete seznam zdrojů upravit, navštivte stránku Přidávání zdrojů.
Automatické aktualizace
Jednou z výhod používání zdrojů jsou automatické aktualizace. Ty se netýkají jen systému samotného, ale i všech nainstalovaných aplikací. Ubuntu vás samo upozorní, pokud se ve zdrojích vyskytnou novější verze programů, bezpečnostní záplaty systému a podobně. Jednoduše klikněte na ikonu aktualizace, která se zobrazí v pravém horním rohu, zadejte administrátorské heslo a nechte systém zaktualizovat.
Mít aktualizovaný systém je velice důležité, neboť takto ochraňujete váš počítač a vaše data proti případným chybám v programech nebo útočníkům napadajícím nezáplatované počítače.
Pokročilá správa softwaru
Pokud jste pokročilý uživatel a vyžadujete více možností, jak ovládat software nainstalovaný na počítači, nebo potřebujete spravovat systém z Terminálu, navštivte stránku Pokročilá správa softwaru.